①傘菌類 顧名思義，傘菌是具有傘狀子實體的那些種類，這些傘狀的子實體明顯分化出菌蓋和菌柄兩大形態結構，且菌蓋的下方生有刀片狀的菌褶，菌褶的兩側生有它們的“種子”——擔孢子。大多數常見的食用菌為傘菌類，如雙孢菇、香菇、金針菇、滑菇等，傘菌多為肉質。

②多孔菌類 多孔菌類的子實體形態多樣，有傘狀、扇形、塊狀等多種形狀，質地有肉質、半纖維質和木柱質等，但是，它們形態學上的共同特點是：在菌蓋下方都有管孔狀的繁殖結構。如肉質傘狀的牛肝菌、雞油菌，木柱質扇形的靈芝，肉質塊狀的猴頭和齒菌。

③膠質菌類 膠質菌類的子實體多耳狀或葉狀，有的呈腦狀，質地上多為膠質，如木耳、毛木耳、銀耳、金耳、榆耳、血耳等。它們的繁殖體——擔孢子，都著生于子實體的表層內，有的生于耳片的一側，有的則生于兩側。

④子囊菌類 除上述形態學上的幾大類群外，尚有一些種類，很難劃分形態類群，這些多是人工尚未栽培的種類，如鐘形菌蓋表面凹凸不平的酷似羊肚的羊肚菌，菌蓋酷似馬鞍形的馬鞍菌，還有不規則塊狀的塊菌。這些菌從分類地位上都距上述三大類群較遠，屬于子囊菌亞門。