1、外觀直接觀察鑒定： 對引進菌種，先觀察包裝是否合乎要求，棉塞有無松動，試管、玻璃瓶和塑料袋有無破損，棉塞和管、瓶或袋中有無病蟲侵染，菌絲色澤是否正常，有無發生變化。然后在瓶塞邊作深吸氣，聞其是否具備特有的香味。原種和栽培種可取出小塊菌絲體觀察其顏色和均勻度，并用手指捏料塊檢驗含水量是否符合標準。如果菌絲濃白、粗壯、富有彈性，則生命力強；如果菌種菌絲萎縮，干燥無色澤，或菌絲體自溶產生了多量紅褐色液體，則生活力已變弱，不宜再用；木塊菌種如仍保持硬實，則屬于生活力強的菌種，如若木塊變得軟化松散，則已老化，不宜使用。

　　2、培養觀察鑒定： 對于分離、選育和引進的菌種，通過培養，觀察菌絲體對干、濕度和溫度等方面的適應特性。如將菌絲體置于偏干、偏濕和干濕相宜的條件下培養，若菌絲在前兩種條件下能良好生長，而在干濕相宜的條件下生長佳，則說明是好菌種。　

　　3、觀察菌絲長速：將供測的菌種接入新配制的試管斜面培養基上，置于適宜的溫、濕度條件下進行培養，如果菌絲生長迅速、整齊濃密、健壯有力，則表明是優良菌種，否則即是劣質菌種。

　　4、液體培養鑒定： 配制2％糖水溶液，經常規滅菌消毒，挑取黃豆粒大的菌塊，放入100毫升上述溶液中，置于25-28℃溫度下培養3-7天后，若液面出現氣泡，產生“油皮”，發生渾濁現象，說明菌種本身有雜菌；如果苗塊下沉，或遲遲才長出很薄的菌絲層，則說明菌種生活力弱；如若液面四周的菌絲生長快，且濃白呈棉絮狀，則表明菌種生命力強。

　　5、鋸木屑瓶栽鑒定和周期產量鑒定： 瓶栽鑒定的做法與培育栽培的方法相似，把鋸木屑培養料裝得松一些，適當加大濕度，把需要鑒定的菌種接種于培養基中，做好記錄，在26℃恒溫下培養15天。然后使溫度降至15℃-20℃，并給予較好的散射光條件，再培育半個月左右，在瓶壁和料面上就會出現子實體原基和少量子實體。若未發現雜菌和異常現象，再把菌種接在木段上，做周期產量鑒定。如果子實體生長旺盛，高產優質，具備優良品種特性，并且沒有雜菌混生，說明菌種可靠，可以保存并投入大面積生產。

　　6、顯微鏡檢驗：若菌絲透明，呈分枝狀、有橫隔、鎖狀聯合明顯，再加上具有不同品種固有的特征，則可認為是合格菌種。

　　7、出菇實驗檢驗：經過檢驗后，認為是優良菌種的，可進行擴大轉管；同時可取一部分母種用于出菇（耳）試驗，出菇實驗常用的方法有瓶栽法和壓塊法兩種，置適宜溫濕條件下培養，觀察菌絲生長速度、轉管快慢、吃料能力、出菇速度、子實體形態、產量和質量等來綜合評價菌種質量優劣。